Znaleziska archeologiczne świadczą o tym, że tereny wokół Borowego Młyna były zamieszkiwane już w epoce kamiennej. Odkryto tu również cmentarzyska z okresu kultury łużyckiej. Od IV do XII wieku istniała tu osada, której ludność zajmowała się hutnictwem żelaza, o czym świadczą odnalezione dymarki. Została ona zniszczona w 1157 roku przez wojska cesarza niemieckiego Fryderyka Barbarossy. Ponowna lokacja wsi miała miejsce w XVII wieku. Należącą do biskupów poznańskich osadę nazywano również Wodnym Młynkiem. Na jej terenie znajdował się młyn i mielcuch, gdzie warzono piwo. Po II rozbiorze Polski, w 1793 roku dobra biskupie Borowego Młyna zostały skonfiskowane przez władze pruskie. Do Polski Borowy Młyn wrócił po II wojnie światowej. Pod koniec stycznia 1945 roku w Borowym Młynie, między jez. Chłop i Wędromierz, rozegrała się jedna z większych bitew w tym regionie.
We wsi zachowały się drewniane budynki szachulcowe i stodoła kryta strzechą.
W okolicy Borowego Młyna, nad jeziorem Gołyń Mały, znajduje się rezerwat przyrody, w którym ochronie podlegają rzadkie rośliny torfowiskowe jak rosiczka okrągłolistna, mchy torfowce czy kłoć wiechowata. Pobliskie dwa użytki ekologiczne stanowią ostoje chronionych gatunków roślin i zwierząt.